«Η απόφαση του είναι εκτός Συντάγματος, το σχολείο δεν είναι κατηχητικό», δήλωσε ο , επαναφέροντας το ζήτημα του διαχωρισμού Κράτους – Εκκλησίας και τασσόμενος απόλυτα υπέρ της αλλαγής αυτής. Ωστόσο, όπως τόνισε ο πρώην υπουργός Παιδείας «δεν πρέπει να γίνει πογκρόμ (σ.σ. κατά της Εκκλησίας), αλλά να είναι διακριτοί ρόλοι».

Μιλώντας στην ΕΡ1, ο κ. Φίλης αναρωτήθηκε πως «είναι δυνατόν το Σύνταγμα να έχει αναφορά στην Αγία Τριάδα στην επικεφαλίδα του; Αυτό είναι κατάλοιπο άλλης εποχής που γινόταν αναφορά στον Βασιλέα».

Σχολιάζοντας όσα είχαν συμβεί και είχαν οδηγήσει στην αποπομπή του από τη θέση του υπουργού Παιδείας, σημείωσε πως τότε «ο πρωθυπουργός έκανε την επιλογή του που υπαγόρευσε δημοσίως ο Αρχιεπίσκοπος», προσθέτοντας  ότι «η κυβέρνηση ήθελε τότε μια ηρεμία σε σχέση με την Εκκλησία. Ήταν επιλογή απάντησης στην επιθετικότητα της κυβέρνησης». «Σε άλλες περιπτώσεις έχουμε το άλλοθι της Τρόικας, δεν μπορούμε να έχουμε το άλλοθι του Ιερώνυμου στην Ελλάδα» πρόσθεσε δηκτικά.

Αναφερόμενος στην απόφαση του Συμβουλίου της Επικρατείας, που έκρινε αντισυνταγματικές τις αλλαγές που είχε κάνει στο μάθημα των Θρησκευτικών, ο κ. Φίλης επεσήμανε ότι «ήταν εκτός Συντάγματος» προσθέτοντας ότι «το Σύνταγμα μιλάει για θρησκευτική συνείδηση» και ότι «η πλειοψηφία των Ελλήνων πιστεύει ότι το σχολείο δεν κατηχητικό».

«Θέλουμε το μάθημα των να έχει ένα χαρακτήρα πλουραλιστικό» συμπλήρωσε.

Όσον αφορά την υπόθεση των δύο Ελλήνων στρατιωτικών, ανέφερε πως «η γραμμή διατυπώνεται από τον πρωθυπουργό και τον υπουργό Εξωτερικών και όλοι οι άλλοι εκφράζουν προσωπική άποψη», ενώ εξέφρασε την ελπίδα ότι θα επιστρέψουν σύντομα στη χώρα. Το θέμα τους «είναι μικρό αλλά πολύ σημαντικό καθώς σημαντικότερη είναι η μεγαλύτερη εικόνα των διεθνών σχέσεων», συμπλήρωσε.