Tο ΥΠ.Π.Ε.Θ. δεν προχωρά στην κατάργηση των Τμημάτων Ένταξης, ούτε ακυρώνει το έργο και την προσφορά των εκπαιδευτικών που εργάζονται σε αυτές τις δομές Ειδικής Αγωγής και Εκπαίδευσης (ΕΑΕ). Αντίθετα ενισχύει την συνεργασία ανάμεσα στις δύο δομές καθώς τα Τμήματα Ένταξης είναι ενταγμένα στην σχολική μαθητική ζωή και στην μαθησιακή διαδικασία. Από την εν λόγω συνεργασία μόνο οφέλη μπορούν να προκύψουν για τις ιδιαιτέρες εκπαιδευτικές ανάγκες των μαθητών αλλά και για τον τρόπο που συνυπάρχουν όλα τα παιδιά μέσα στον χώρο του σχολείου.
Τέλος, το ΥΠΠΕΘ έχει στόχο να αναβαθμίσει τη λειτουργία των Τμημάτων Ένταξης επιμορφώνοντας τους εκπαιδευτικούς σε θέματα συνδιδασκαλίας και διαφοροποιημένης διδασκαλίας, με αποτέλεσμα οι εμπλεκόμενοι εκπαιδευτικοί να αποκτήσουν τη γνώση και ευχέρεια προσαρμογής της διδακτικής τους μεθόδου, τοποθετώντας τον κάθε μαθητή στο κέντρο του μαθησιακού σχεδιασμού, αναγνωρίζοντας τη διαφορετική ετοιμότητα του καθενός, στο πλαίσιο των Τμημάτων Ένταξης που αποτελούν πρωτίστως τάξεις μικτών ικανοτήτων.
