Τα πανεπιστήμια και τα άλλα ανώτατα εκπαιδευτικά ιδρύματα (ΑΕΙ) αποτελούν τον βασικότερο παραγωγό έρευνας στην Ελλάδα, με ποσοστό που ξεπερνά το 35% του συνόλου της δραστηριότητας Έρευνας και Ανάπτυξης, μερίδιο από τα υψηλότερα μεταξύ των κρατών μελών της ΕΕ.
Τα ελληνικά ΑΕΙ έχουν επίσης κεντρικό ρόλο στην εκπαίδευση και στην απόκτηση δεξιοτήτων του ανθρώπινου δυναμικού, όμως η συνεισφορά τους στην καινοτομία και την εθνική οικονομία είναι για την ώρα σχετικά πιο περιορισμένη. Από την άλλη, το ελληνικό σύστημα ανώτατης εκπαίδευσης παρουσιάζει μεγάλο βαθμό εξάρτησης από το κράτος σε όρους χρηματοδότησης, αν και διακρίνεται πλέον μια τάση για εξεύρεση πόρων και από άλλες πηγές, είτε μέσω συνεργασιών στο πλαίσιο ερευνητικών έργων, είτε από αξιοποίηση ίδιων πόρων, καθώς τα ΑΕΙ αναζητούν εναλλακτικές πηγές χρηματοδότησης, επανεξετάζοντας τις στρατηγικές τους.
